Protilátky proti tyreoidálnej peroxidáze a tyreoglobulínu (Anti-TPO a Anti-TG) – odrážajú proces autoimunitného zápalu, často zvýšené pri Hashimotovej chorobe (prejavuje sa hypotyreózou)
Protilátky proti TSH receptorom (TRAK, anti-TSHr) – dôležité pri podozrení na Graves-Basedowovu chorobu (sprevádzaná v úvode hypertyreózou)